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專利及商業秘密同樣可以保護研發成果，但兩種方式在各方面均有利弊。最大的分別是在於申請專利必須要將技術內容公開，但以商業秘密保護卻不需要公開。

公開技術的缺點就是很容易被模仿抄襲，如果專利申請能順利獲批則還好，最壞的情況是技術公開後，專利申請遭駁回，這等如是把辛苦研發出來的技術拱手送給競爭對手參考。言而，如果競爭對手沒有使用不正當的方式取得有關技術並將該有關技術申請專利，雖然，可以專利權的在先使用權作為抗辯，但將會反被競爭對手限制自己使用的範圍及以後的發展。

專利及商業秘密的基本採用原則是，凡跟「know-how」有關的部分都是以商業秘密來保護；凡是用reverse engineering (反向工程) 可以拆解的部分都會以申請專利來保護。事實上，一個技術往往都是同時採取專利及商業秘密的混合式保護。因此，在決定申請專利時對技術公開的部份是保護策略中尤其重要。

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